Fakultas Ekonomi Universitas Proklamasi 45 Yogyakarta berdiri pada tanggal 17 Agustus 1964 bersamaan dengan lahirnya Universitas Proklamasi 45 Yogyakarta berdasarkan Akta Notaris Nomor 26 tanggal 19 Januari 1965 Fakultas Ekonomi adalah salah satu fakultas dari lima fakultas di lingkungan Universitas Proklamasi 45 Yogyakarta. Empat fakultas lainnya adalah Fakultas Hukum, Fakultas Ilmu Sosial dan Ilmu Politik, Fakultas Psikologi, dan Fakultas Teknik. Fakultas Ekonomi Universitas Proklamasi 45 Yogyakarta pada saat awal berdirinya menerapkan sistem pendidikan yang disebut sistem paket. Pada Tahun Akademik1984/1985 sesuai ketentuan dari Departemen Pendidikan dan Kebudayaan, Fakultas Ekonomi mulai menerapkan sistem pendidikan baru yang disebut sistem kredit semester (SKS). Berdasarkan sistem baru ini pula nama jurusan yang semula Manajemen Perusahaan diubah menjadi Jurusan Manajemen.
Pada saat menggunakan sistem paket, lulusan Fakultas Ekonomi memiliki tahapan dalam proses menyelesaikan jenjang pendidikan, yaitu tahap Sarjana Muda dan Sarjana. Dengan pemberlakuan SKS, maka jenjang sarjana muda dihapuskan sehingga langsung pada penyelesaian jenjang sarjana. Atas penyelenggaraan proses belajar mengajarnya, Fakultas Ekonomi Universitas Proklamasi 45 Yogyakarta memperoleh status legalitas dari pemerintah melalui Menteri Pendidikan dan Kebudayaan RI sebagai berikut:
- Status Terdaftar Program Studi Manajemen berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Nomor 0309/0/1984 pada tanggal 13 Juli 1984.
- Penetapan ulang Status Terdaftar Program Studi Manajemen dengan Surat Keputusan nomor 0361/0/1986 pada tanggal 14 Mei 1986.
- Status Diakui pada Program Studi Manajemen diperoleh berdasarkan surat keputusan nomor 23/Dikti/1992.
- Status Disamakan pada Program Studi Manajemen diperoleh berdasarkan surat keputusan nomor 411/Dikti/Kep/1995 pada tanggal 28 September 1995.
- Berdasarkan hasil penilaian Tim Asesor Akreditasi dari Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi, Program Studi Manajemen mendapatkan Status Terakreditasi dengan nilai B berdasarkan surat keputusan nomor 001/BAN-PT/Ak-1/VIII/1998 pada tanggal 11 Agustus 1998.
- Status Terakreditasi untuk kedua kalinya diperoleh Program Studi Manajemen dengan nilai B berdasarkan surat keputusan nomor 001/BAN-PT/Ak/VIII/S1/2004.
- Status Terakreditasi untuk ketiga kalinya diperoleh Program Studi Manajemen dengan nilai B berdasarkan surat keputusan nomor SK No. 16/BAN-PT/VI/2009 pada tanggal 16 Juni 2009.
- Perpanjangan ijin Program Studi Manajemen terbaru berdasarkan Surat Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi Departemen Pendidikan Nasional RI nomor 7762/D/T/K-V/2011 yang ditetapkan pada tanggal 11 Juli 2011 dan berlaku sampai dengan 19 Agustus 2015
- Status Terakreditasi untuk ke empat kalinya diperoleh Program Studi Manajemen dengan nilai B berdasarkan surat keputusan nomor SK No. 468/SK/BAN-PT/Akred/S/XII/2014.
Pada awalnya, Fakultas Ekonomi Universitas Proklamasi 45 Yogyakarta hanya menerima calon mahasiswa kelas reguler yaitu perkuliahaan diselenggarakan pada waktu pagi hingga sore hari. Perkembangan dunia kerja di wilayah DIY khususnya dan dunia kerja pada umumnya menuntut persyaratan bahwa seorang pegawai yang ingin mengembangkan karir pada suatu instansi atau lembaga, khususnya bidang perbankan mensyaratkan pendidikan minimal sarjana. Hal ini menjadi peluang bagi Fakultas Ekonomi untuk membidik calon mahasiswa dari kalangan karyawan atau pegawai.
Mulai tahun 1995, Fakultas Ekonomi Universitas Proklamasi 45 Yogyakarta membuka perkuliahan untuk pegawai dengan penyelenggaraan kelas di malam hari. Untuk mahasiswa kelas malam, perkuliahan diselenggarakan malam hari dari jam 18.00 s/d 22.00 wib setiap hari dari Senin – Sabtu. Selain waktu kuliah, mahasiswa kelas malam tidak diberikan dispensasi atau perlakuan khusus, sehingga perlakuan dalam proses pengajaran sama dengan mahasiswa kelas pagi. Untuk materi kuliah dan cara penilaian diperlakukan sama, sehingga kualitas lulusan mahasiswa kelas malam maupun kelas pagi sama. Untuk mata kuliah tertentu yang menggunakan praktikum, seperti mata kuliah komputer dan statistika juga diperlakukan sama. Kebijakan ini untuk menjamin tidak adanya perbedaan antara mahasiswa kelas pagi dan malam.
Pada saat berlakunya sistem semester penuh (sistem paket) pada tahun 1987/1988 jumlah lulusan sarjana ekonomi adalah 10 orang. Sampai dengan wisuda Sarjana Periode Semester Genap TA 2017/2018 jumlah lulusan S1 Prodi Manajemen mencapai 2.282 orang. Sampai dengan akhir tahun 2017, Fakultas Ekonomi Universitas Proklamasi 45 Yogyakarta memiliki dosen tetap berjumlah 9 orang. Selain itu, Fakultas Ekonomi Universitas Proklamai 45 memiliki perpustakaan mini dengan ruangan baca seluas 156 meter persegi. Untuk mendukung dan memperlancar proses belajar mengajar di Fakultas Ekonomi Universitas Proklamasi 45 Yogyakarta disediakan beberapa fasilitas pendukung yaitu: Laboratorium Komputer (Puskom), Ruang Unit Kegiatan Mahasiswa (UKM), Ruang Sidang/Rapat/Ujian, Lapangan olah raga, Papan pengumuman, Mushola, Kantin, Panjat Dinding, Ruang Bersama, Tempat Parkir kendaraan roda dua dan empat, dan Kamar Mandi/WC.
Sejak berdirinya, Fakultas Ekonomi Universitas Proklamasi 45 Yogyakarta telah dipimpin oleh 13 orang Dekan yaitu:
Daftar Nama Dekan Fakultas Ekonomi dan Periode Kepengurusannya :
No | Nama Dekan | Periode |
1 | Drs. Djamharin | 1964 – 1972 |
2 | Drs. Soegiyono | 1972 – 1978 |
3 | Dra. Nani Muryani | 1979 – 1981 |
4 | Drs. Azhar Daimin | 1981 – 1989 |
5 | Drs. Nur Budyantara | 1989 – 1993 |
6 | Drs. Ibnu Darmawan | 1993 – 1997 |
7 | Dra. Siti Noor Hidayati | 1997 – 2000 |
8 | Drs. Bambang Sugeng Dwiyanto, M.M. | 2000 – 2003 |
9 | Drs. Jemadi, M.M. | 2003 – 2007 |
10 | Yuli Kurniyati, SE, M.M. | 2007 – 2008 |
11 | Drs. Edy Rismiyanto, M.M. | 2008 – 2011 |
12 | Andriya Risdwiyanto, SE, M.Si. | 2011 – 2017 |
13 | Dra. Eny Sulistyowati, M.M. | 2017 – 2020 |
14 | Ir. A. A. Alit Merthayasa, M.S., Ph.D. | 2020 – 2021 |
15 | Dr. Nuralam, S.E., M.Si. | 2021 – 2023 |
16 | Djoko Wijono, S.E., M.M. | 2023 – Sekarang |